本館は、昭和32年米軍による秋吉台空爆演習地問題が契機となって秋吉台の自然研究と学術研究の機関設置の必要性から設立されました。そのため、本館は秋吉台の自然を守り、秋吉台地域に広がる石灰岩台地の学術的重要性を国内外に広く周知し、研究活動を通じて文化的価値を高めていくこと、また学校教育・社会教育にさまざまな観点から関与し、広く普及教育の発展に寄与することを基本理念としています。

　このような基本理念に基づき、博物館活動の基本である資料の収集保存、調査研究、展示、普及教育を柱とした活動に加え、地域の学術研究機関や自然愛護団体などと連携した事業を行うなどさまざまな活動を展開しています。地域に根差した自然史博物館として、年齢性別を問わず、より多くの利用者に活用され、親しまれるよう、地道かつ発展的な活動を行うよう努めています。